百家汇投资企业先声诊断于Nanopore全球开发者大会上做展示报告

先人一步,引领未来

纽约时间2017年11月30日至12月1日,由英国牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,简称“ONT”)举办的全球开发者大会在美国纽约隆重举行。ONT公司从全球上万名报名者中筛选出的三百多位杰出开发者参与了本次盛会,先声诊断由于其出色的应用开发进展,受邀成为唯一中国发言代表,并做主题为“基于MinION测序仪的临床微生物检测”的临床应用案例展示报告  

 

 

  全球开发者大会  

在报告中,先声诊断首席医学官曾文琦博士首先介绍了先声集团在精准医疗领域的战略布局及先声诊断的定位。


先声诊断首席医学官曾文琦博士做主题报告


接着,他阐述了先声诊断利用MinION等纳米孔测序平台进行感染类疾病快速诊断分析和现场疫情监控的开发构思:即通过特殊的临床样本处理方案,配合优化的数据分析流程和数据库,实现临床病原体的精准检出和耐药分析。随后,曾博士展示了先声诊断利用自行建立的方法对于两种不同的感染性疾病临床样本检测的案例,得到了与会听众的高度重视和热烈反响。

 

  临床应用案例展 

 


案例一: 感染性心内膜炎病人瓣膜赘生物的病原菌检测

此案例是先声与中国顶级心血管疾病诊断专家——北京阜外医院分子诊断中心周洲教授共同合作开发的。先声使用基于MinION测序平台自建的方法对阜外提供的七例临床培养均呈阴性的样本进行了检测,七例样本各检测出一种主要的致病病原体,并使用Sanger测序对结果进行了验证。其中两种病原体分别为贝氏柯克氏体(Coxiella burnetii)和五日热巴尔通体(Bartonella quintana),为Q热病和战壕热的致病菌,它们具有难培养的和兼性细胞内寄生的特点,因此临床几乎无法培养。先声诊断建立的方法和检测手段对于该类临床感染样本的快速准确检测具有跨时代意义。



案例二: 对于数个急性传染病的临床样本检测

针对数个临床样本做相应的检测,致病病原体全部准确检出,并且致病病原体在检出微生物中相对丰度占比均超过95%。通过对致病病原体基因组数据的比对,发现其过往相近病原株,并且描绘出进化树。另外,在其中一例样本中发现了病毒与细菌混合感染现象,并成功鉴定出疑似源于院内感染菌株的耐药基因,值得临床进行严格的后续追踪以及更加深入的案例分析。


报告后,先声诊断团队通过墙报形式与来自全球的开发者同行进行了深入交流。先声诊断的生物信息团队报告了对Nanopore测序用于微生物与耐药基因分析鉴定的算法研究:通过算法优化,显著提升了初始测序错误相对较高的Nanopore长片段序列的比对正确率,对于微生物物种与耐药株的准确鉴定都将有重要意义。这些数据分析流程的优化成果引起了大家的高度重视和热烈讨论


 

用精准医疗帮助更多人

先声诊断代表及ONT市场部Thomas 在先声展示区合影


ONT核心团队及世界顶尖的科研小组对先声的研发应用案例高度认可,会后和先声团队代表展开了深入的交流,且给先声提供了更多的开发意见和建议。先声将坚定的致力于利用世界领先的科研开发成果帮助中国乃至更多国家临床医务工作者与病患解决临床痛点与实际医学需求,为健康创造前所未有,用精准医疗帮助更多人。


先声诊断代表及ONT CEO Gordon、市场部Thomas合影

 

关于

Nanopore纽约全球开发者大会

英国牛津纳米孔公司(ONT)是全球领先的新一代测序平台开发者,每年在伦敦和纽约会各举办一场开发者大会。大会邀请在纳米孔测序应用方面有突出进展的研究团队分享研究成果。今年的纽约大会报名人数超上万人,但经过筛选后获得邀请资格的只有三百多名。所有参与者都高度认可ONT公司纳米孔测序平台的应用潜力,并积极参与新应用的开发和推广。


ONT公司MinION测序仪的便携性特点让实时测序能上至太空,下达深海;大到煤矿,冰川,热带雨林,小至厨房,学校,疫情观察站;对探索未知物种,跟踪环境生态进化具有重要意义。实时快速的测序,亦使传染病和抗生素耐药的检测与分析一体化方案成为可能,也有越来越多应用于临床的案例。在这方面,先声与数个欧美科研小组走在了整个领域的世界前沿。



Simcere 先声  

Oxford Nanopore

 

先声集团于2016年投资并引进了新一代ONT nanopore纳米孔测序平台,并在此平台上针对感染类疾病进行了大量的自主开发,已经建立了病原体的快速精准诊断和耐药分析方法

 

 

图 | MinION目前已在先声诊断实验室投入使用

 

Oxford Nanopore Technologies (简称 ONT)研发了世界上首例且唯一的便携式纳米孔DNA/RNA测序仪,MinION。 此产品可读取DNA,RNA和蛋白质序列,并且具有便携,实时数据读取,超长测序读长,和低成本的特点。

 

 

图丨牛津纳米孔开发的DNA测序仪可以用电脑上的USB供电

因此,MinION不仅可用于科学研究,而且广泛适用于病原体检测,环境监控,食物链监测,自我量化,甚至微重力生物学等一系列现实应用,使人人轻松进行生物分析成为可能。目前,基于MinION的应用场景已经上至美国航空航天局空间站,下至深海海底。

 

图 | 2016年9月,Gordon Sanghera博士来访先声药业

 

此外,基于纳米孔传感技术的可扩展性,ONT还研制出了中通量的GridION x5,而正在研制中的高通量的PromethION,已准备进入客户早期试用阶段,中国区首台设备将会投放于先声诊断实验室。


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